* 5R110W: Una trasmissione automatica a cinque velocità. Questa era un'opzione comune.
* Manuale a 6 velocità: Era disponibile anche un cambio manuale a sei velocità, sebbene meno comune di quello automatico.
Per sapere con certezza quale trasmissione ha un F-350 Super Duty *specifico* del 2006, è necessario controllare la documentazione del veicolo (manuale del proprietario, adesivo sul finestrino, ecc.) o il numero di identificazione del veicolo (VIN).