* Dimensioni e forma del vano motore: Il vano motore della Mustang del 1966 è più piccolo e di forma diversa rispetto alla Mustang con carrozzeria Fox. Saranno necessarie modifiche significative, probabilmente incluse modifiche al firewall, supporti motore personalizzati e potenzialmente anche modifiche al supporto del radiatore.
* Trasmissione: La trasmissione della Mustang del 1990 potrebbe non essere direttamente collegata alla trasmissione della Mustang del 1966. Potrebbe essere necessario un adattatore o una trasmissione completamente diversa.
* Cablaggio: Il cablaggio del motore del 1990 è progettato per il proprio sistema. Dovrai adattarlo o sostituirlo per farlo funzionare con l'impianto elettrico della Mustang del 1966. Questo è un compito complesso.
* Sistema di scarico: Il sistema di scarico dovrà essere realizzato su misura per adattarsi al nuovo motore e al telaio della Mustang del 1966.
* Sistema di raffreddamento: Il sistema di raffreddamento del motore del 1990 potrebbe non essere compatibile con il radiatore e altri componenti della Mustang del 1966. Probabilmente saranno necessarie delle modifiche.
* Controllo computer: Il 5.0L del 1990 probabilmente utilizza il controllo del computer (flusso d'aria di massa). Questo problema dovrà essere risolto, utilizzando un sistema di gestione del motore autonomo o ricablaggi e modifiche estesi.
In breve, anche se è possibile realizzarlo, si tratta di un progetto importante che richiede notevoli competenze di fabbricazione, meccaniche ed elettriche. Non è qualcosa che un principiante dovrebbe tentare. Probabilmente avrai bisogno di una notevole esperienza e di un'officina ben attrezzata. Sono disponibili molti ricambi aftermarket per assistere in questo scambio, ma rimane comunque un compito complesso.