Alcune versioni del motore D16 sono dotate di VTEC (Variable Valve Timing and Lift Electronic Control), una tecnologia che varia la fasatura e l'alzata delle valvole del motore per migliorare le prestazioni e l'efficienza del carburante.
Il motore D16 con VTEC viene generalmente indicato come motore D16Z6. È stato introdotto per la prima volta nel 1989 nei modelli Honda Civic Si e CRX Si. Il motore D16Z6 produce 125 cavalli e 106 piedi-libbra di coppia.
Il motore D16Z6 è noto per la sua erogazione di potenza fluida, la natura ad alti regimi e l'eccellente risparmio di carburante. È considerato uno dei migliori motori a quattro cilindri mai prodotti dalla Honda.
