Le celle a combustibile funzionano a idrogeno, un elemento che ha un punto di accensione basso. Questo porta ad alcuni particolari problemi di sicurezza. Anche prima che le celle a combustibile possano essere ampiamente utilizzate nelle automobili, è necessario mettere in atto un sistema di erogazione dell'idrogeno. Un sistema di consegna richiede una rete di gasdotti, un sistema di trasporto su camion, impianti di generazione di idrogeno e stazioni di rifornimento di idrogeno negli Stati Uniti. Ogni punto lungo questa rete dovrebbe essere fisicamente, chimicamente e meccanicamente sicuro.
Anche il sistema di accumulo all'interno di un'auto alimentata a celle a combustibile a idrogeno presenta problemi unici. L'idrogeno è piuttosto pesante rispetto al gas. Quindi, affinché un'auto possa immagazzinare abbastanza idrogeno per percorrere l'autonomia di guida convenzionale prevista per un pieno (300 miglia o circa 480 chilometri), i telai delle auto devono essere più robusti oppure gli scienziati devono trovare un modo per produrre un pieno di carburante a idrogeno accendino cellulare.
I vigili del fuoco, il personale medico di emergenza, la polizia - qualsiasi tipo di primo soccorritore - dovranno sviluppare nuovi processi e risposte per gli incidenti stradali che coinvolgono un veicolo alimentato a celle a combustibile a idrogeno. In effetti, qualsiasi incidente, in uno qualsiasi dei punti della rete dell'idrogeno, dall'auto al gasdotto all'impianto di generazione dell'idrogeno, richiederà un piano di sicurezza specifico in atto che affronti le esplosioni di idrogeno. Di conseguenza, spetta davvero agli ingegneri delle celle a combustibile a idrogeno assicurarsi che stiano progettando un sistema sicuro e affidabile.